重庆港九股份有限公司是经重庆市人民政府批准，由原重庆港口管理局为主要发起人，联合成都铁路局、重庆铁路分局、重庆长江轮船公司、张家港港务局共同发起成立的股份有限公司。公司股票于2000年7月31日在上海证券交易所挂牌上市，是国内第一家长江内河港口上市公司。
1999年1月8日，在重庆市工商行政管理局登记注册。
2000年7月，在上海证券交易所挂牌交易。
2014年1月2日，以货币方式出资2亿元，在两江新区鱼复工业园设立全资子公司，提供仓储、配送、加工、销售、市场管理等物流综合服务。
2014年1月17日，宣布以不低于7.50元/股非公开发行不超过1.6亿股股票，募集资金不超过12亿元，用于收购港务物流集团持有的重庆果园集装箱码头有限公司65%的股权并补充流动资金。
2014年10月，宣布投资2000万元设立重庆大宗生产资料交易公司，建立交易服务平台，提供大宗生产资料信息和交易等服务。
港口中转运输业务
公司主要核心业务是港口码头的装卸、仓储等中转运输，在长江流域重庆段 600 多公里岸线范围内拥有集装箱、重件、化工、件散货、旅游客运等专业化码头（群），码头年设计货物吞吐能力 7000 万吨，客运吞吐能力 1000 万人次，拥有 5 个铁水联运换装港（江津蓝家沱、猫儿沱、九龙坡、果园及万州红溪沟），铁路年装卸车能力达 3000 万吨。货物吞吐能力和集装箱吞吐能力分别占全市份额 30%、85%以上。
综合物流业务
以港口为依托，围绕铁、公、水多式联运，拓展贸易物流、供应链物流等业务。公司是长江上游和西南地区规模最大集装箱枢纽港，目前公司集装箱年吞吐量占重庆水路集装箱年吞吐量的 85%以上。